มูลนิธิเพื่อการศึกษาพิเศษในพระราชูปถัมภ์ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เริ่มต้นจากสมาคมผู้ปกครองและครูโรงเรียนสาธิตอนุบาล ลอออุทิส วิทยาลัยครูสวนดุสิต และได้จดทะเบียนเป็นมูลนิธิเพื่อการศึกษาพิเศษ ในวันที่ 29 มีนาคม 2527 (ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 24 เมษายน พ.ศ. 2527 โดย รศ.ดร.อรอนงค์ เย็นอุทก ร่วมกับผู้ปกครองของเด็กที่มีความต้องการพิเศษ) ต่อมาได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารีฯ เป็นองค์อุปถัมภ์มูลนิธิฯในปี พ.ศ. 2547

วัตถุประสงค์ของมูลนิธิเพื่อการศึกษาพิเศษในพระราชูปถัมภ์ฯ
เพื่อสนับสนุนและส่งเสริมงานด้านการศึกษาพิเศษของหน่วยงานต่างๆ ที่ทำงานเกี่ยวข้องกับบุคคลพิการและเด็กที่มีความต้องการพิเศษ
เพื่อสนับสนุนการจัดโครงการฝึกอาชีพเยาวชนพิการ
เพื่อทำกิจกรรมสาธารณประโยชน์ ร่วมกับหน่วยงานองค์กรการกุศลอื่นๆ
การดำเนินงานของมูลนิธิฯ มุ่งมั่นในการพัฒนาศักยภาพทางการศึกษาแก่เด็กที่มีความต้องการพิเศษให้ได้รับการศึกษาขั้นพื้นฐานตามอัตภาพ เพื่อจะได้ดำรงชีวิตอยู่ในสังคมทั่วไปอย่างมีคุณค่าและมีความสุข

กิจกรรมที่มูลนิธิฯได้ปฏิบัติแล้วหรือกำลังปฏิบัติอยู่
สนับสนุนและส่งเสริมครู บุคลากรที่ทำงานด้านการศึกษาพิเศษให้สามารถปฏิบัติงานได้อย่างมีคุณภาพ โดยการจัดสัมมนาวิชาการเพื่อเพิ่มพูนความรู้และทักษะการปฏิบัติงาน จัดทำโครงการเสริมขวัญและกำลังใจแก่ ครู และบุคลากรที่มีผลงานดีเด่นด้านการศึกษาพิเศษ รวม 8 รุ่น ให้เข้ารับพระราชทานเข็มเชิดชูเกียรติจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี
มอบทุนการศึกษาและทุนวิจัยแก่ นิสิต นักศึกษา และคณาจารย์ที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาพิเศษ
โครงการจัดประชุมวิชาการระดับชาติร่วมกับมหาวิทยาลัย เพื่อเผยแพร่ผลงานวิจัยด้านการศึกษาพิเศษ อีกทั้งเป็นเวทีแลกเปลี่ยนความคิดเห็นและองค์ความรู้ของครู อาจารย์และผู้ปฏิบัติงานด้านการศึกษาพิเศษ
จัดประชุมผู้ปกครองเพื่อแลกเปลี่ยนข้อคิดเห็นและประสบการณ์การดูแลเด็กที่มีความต้องการพิเศษ พร้อมทั้งจัดนักวิชาการมาให้ความรู้และคำแนะนำ
จัดฝึกอบรมวิชาชีพแก่เยาวชนพิการ เช่น การทำดอกไม้ผ้า และเบเกอร์รี่ เป็นต้น

รายนามประธานมูลนิธิฯ ตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบันมีดังต่อไปนี้คือ
คุณหญิงเบญจา แสงมะลิ
คุณหญิงเอื้อปรานี เจียรวนนท์
คุณสมชาย จุละจาริตต์
ศาสตราจารย์เกียรติคุณแพทย์หญิง ชนิกา ตู้จินดา
และปัจจุบัน ศาสตราจารย์ ศรียา นิยมธรรม